Поспешил. Оказывается у меня не чистый SP3. Оказывается, ошибка была до SP4, о чем говорит такой код в методах updateTransPhysicalReturnedReceipt и updateTransPhysicalReturnedIssue класса InventUpd_Physical.
X++:
// START: 1947 SP4
inventTrans.voucher= _ledgerVoucher.lastVoucher();
localBuffer.Voucher = inventTrans.Voucher;
localBuffer.VoucherPhysical = inventTrans.Voucher;
this.postingPhysical(true);
// END: 1947 SP4
Как только накатил это изменение, записи стали корректными. Так что, если кто столкнется с подобной ошибкой, то может мои мытарства помогут. Без этого методы selectInventTransPostingPhysical классов, наследников InventSumDate в случае, если было сторнирование отборочных накладных до создания финансовых, работают некорректно.
Осталось придумать, как исправить существующие записи.