Как раз и нужно использовать регистрацию отгрузочных накладных

1. Сначала выписываете и распечатываете отгрузочную накладную
2. Кладовщик комплектует товар и в печатной форме отгрузочной накладной указывает фактически скомплектованное количество
3. В момент регистрации отгрузочной накладной указываете фактически скомплектованное количество, при этом только фактическое количество у вас перейдет в статус скомплектовано, а остальное останется в статусе Заказано
После этого можно заказ редактировать, а можно и не редактировать
Можно обработать накладную на скомплектованное количество - в накладной будут суммы, которые соответствуют этому количеству. А чтобы заказ закрылся, в момент обработки накладной нужно поставить галочки Закрыто у тех строк, по которым скомплетованное количество отличается от запрошенного.
Если заказ не редактировать, то преимущество будет в том, что сохранится история для последующего анализа - сколько мы запрашивали и сколько на самом деле отгрузили.