Меточные файлы которые создаются хранятся в приложении (Application)
в разных файлах, в зависимости от языка, и с БД они никак не завязаны.
Про метки можно прочитать в статье
"Метки"
Исчезновение меток у меня было в 2.5. Сама строка с кодом метки должна сохранится, а вот её текст может и не сохранится. В окне "Поиск меток" набири код
своей метки(п. @ABC1), если ты её создавал то она должна найтись, в колонку "Метка"
снова вбей нужное тебе название, нажми кнопку "Сохранить". Должно работать. У меня такой эффект появлялся сразу после создания меточного файла.
В Аксапате 3.0 появилась возможность, при экспорте проекта, экспортировать и метки и даже можно указать из какого языка экспортировать. А так можно просто перенести меточные файлы которые хранят твои метки.