Если нужны проблемы, с которыми придется столкнуться, то:
Курсовые разницы. Есть ли обновления для 2008 года.
А вот по поводу оценки трудозатрат - мы в шоке от того, что придется делать, поэтому решили, что в Аксе пока ничего не делаем (ждем решения от MS), а отдаем это все на откуп 1С. Правда существующее разделение между Аксой и 1С пока позволяет нам это делать. Что будет с 2009 года (когда от 1С откажемся полностью) пока не думаем.