В общем, взяли hiew и запатчили ax32serv.exe и axcom.dll - заработало и в 3х-уровневой.
Спасибо MS за оставленные пробелы до и после знака равно в строке "optimizer_index_cost_adj = 1"
Про необходимость правки axcom.dll - не уверен, правили везде "чтобы наверняка".
.ktd файлы можно не трогать - работает и без этого.
Для двухуровневой, соотв. необходим так же патченный клиент.
Upd: Уточню - axcom.dll необходимо править, чтобы сессия Axapta COM Connector тоже была с нужными параметрами.