1. Вы уверены, что на сервере загрузку ЦП дает именно SQL ? Это могут быть и результаты работы например "ГиперВирусов" (почему-то их еще называют антивирусами). В этом может помочь Perfomance Monitor или Task Manager.
2. При загрузке SQL под 100%, когда Enterprise Manager не отвечает, можно попробовать найти "гадкий" процесс через Query Analyser с помощью системных ХП sp_who & sp_who2. В большинстве подобных "клинических" случаях это помогает получить информацию о spid, который грузит проц. Далее по spid из Аксапты можно попытаться узнать юзера, его породившего. Ну, а на сладкое: "допрос юзверга с пристрастием".
3. Как уже выше советовали, т.к. ситуация достаточно воспроизводимая, то запускаете с утреца Profiler, с событиями не только *Complited, но и *Started. В момент "кризиса", сбрасываете получившиеся данные в отдельную БД на другом сервере, перегружаете АОС и далее спокойно анализируете последние запросы в Query Analyser. Только не накладывайте в настройке фильтров на загрузку ЦП !!!
PS. Барабашки есть всегда и везде, просто обычно они умеют хорошо прятаться
