У нас ведется только ответственное хранение
Мы делали приемку через заказ на покупку, при разноске накладной печатается МХ-1.
Отгрузку через заказ на продажу, при разноске накладной печатается МХ-3.
Для выставления счетов делали отдельный модуль биллинга, который считает различные услуги:
Хранение товара (в паллетах, метрах кубических)
Приемка товара (в паллетах, метрах кубических, серийных номерах)
Отгрузка товара (в паллетах, метрах кубических, серийных номерах)
Подготовка документов для клиента
...
Основа модуля бииллинга - таблица операций биллинга, куда записываются данные во время разноски накладных. Также есть периодическая операция для расчета хранения.