Очень хорошо, что у вас одно ЮЛ
Какой учет планируете автоматизировать? УУ, РСБУ, НУ, МСФО, другое? Если только товародвижение, то филиалы особых проблем не доставят. Если нужны ОСы и полноценный БУ и НУ - будут сложности.
Явных проблем не вижу, кроме, пожалуй, WMS. Тут нужны детали - что именно от WMS нужно (какие функции) и с какой целью. В зависимости от ответа это может быть как достаточно просто (включение только ячеек, без оптимизации и заданий складским работникам), так и сложно, вплоть до отдельной компании чисто для WMS и синхронизации между ними.