Вы неправильно делаете.
"Создать журнал номенклатуры в наличии" вытаскивает всю номенклатуру, у которой есть складская аналитика, зафиксированная вами в параметрах журнала. Алгоритм по определению не обращает внимание на ваши фильтры.
Для того, чтобы проинвентаризировать номенклатуру с определенного склада надо пользоваться "создать журнал номенклатуры". Там вы можете указать склад. Не указывайте группы инвентаризации. тогда Аксапты вытащит ВСЮ номенклатуру.
То, что она вытащит ВСЮ номеклатуру - это правильно.
Если же вы хотите оставить только ту, которая по-мнению системы "в наличии", то вы можете отсортировать журнал по колонке в наличии, выделить все нулевые и удалить.
Но еще раз повторюсь... она делает правильно. подсказок - что можно прятать -кладовщикам давать не стоит