В Hotfix Rollup 6 для AX 2009 вышли изменения по оптимизации производительности учета НДС и формирования книг покупок/продаж.
В частности, был решен ряд проблем, упомянутых здесь:
Тормозит ли у вас выбор накладных при создании фактуры?
Если под "учетом распределения НДС" понимается восстановление НДС по факту реализации товаров на экспорт и использовании в деятельности, не облагаемой НДС, - этот функционал был выпущен в Hotfix Rollup 4.