Мое предположение - кто-то когда-то хотел закрывать склад в разных валютах по разным моделям. То есть по русскому учету, у Вас, скажем первый закупленный товар продается первым, а "по нерусскому" каким-то чудом он же продается последним.
Чтобы усилить пользу данной функции, разносить это почему-то решили не на отдельный счет в ГК, а в отдельную область "двухвалютный склад" (в первых версиях была разноска по этому чуду, потом вроде вообще умерла).
Смысл сего действа для меня такая же тайна, я знаю только одного пользователя этой функции - бессменный критиколог Акзапты и постоянный участник данного форума Pavel.