Если закрытие мелкими кусочками, которое mazzy предлогает, не поможет, можно сделать похаканную версию закрытия (для первого закрытия конечно), которое для любой номенклатуры использует метод, который 4ка штатно использует только для услуг. Один раз закрыть склад этой штукой и больше никогда не юзать.
Кроме того - с учетом
этого вариант тупо пометить проводки как закрытые, програм-манагер по себестоимости считает вполне легальным и верным для версии 2009.Так что, возможно, предложение ena_ax - оно вполне корректно...