При использовании модификации добавления связи в разноске бух. счет - склад, сланной нашими программистами, это можно сделать и простым разведением по складам.
Дело в том, что нужно иметь возможность видеть полный остаток товара на предприятии вне зависимости от планируемого использования, чтобы использовать не по назначению
В целом, мне кажется, что привязку разноски к контрагентам нужно скрывать от пользователя, когда нужно. Иначе это весьма серьезный баг, заслуживающий СП3 или что-там-будет-следующее. Нужно серьезно ковырять закрытие склада.
PS. Это также касается и бух. счета в строке закупки.