1. Спасибо belugin за совет, но если есть уже готовые пути поставлять .net либы, то использовать воркэраунды не есть хорошо как по мне. Но за подсказку спасибо конечно, такой вариант я даже не рассматривал, буду знать.
2. Что в итоге получилось (юзал способ от plumbum-а):
Есть инсталлер, к-ый ложит подписанные .net сборки в GAC (References на эти сборки лежат в модели). Инсталлер ложит файл с моделью куда-то в папку. Админ должен зайти туда, скопировать путь к файлу и с помощью axutil импортнуть модели. Будет делать это вручную, т.к. на этапе импорта нужно потверждение в консоли набрать и возможные ошибки/конфликты пишутся в консоль - админ должен это всё видеть. Затем всё стандартно - админ перезапускает AOS, компилирует X++, компилирует в CIL - в общем, идёт по чеклисту или выбирает Compile&Synchronize, к-ый высвечивается после импорта модели и перезапускa AOS . На чистой ВМ проверял - вроде всё работает.
Ещё раз всем спасибо за советы - они мне очень помогли. Если у кого-то есть какие-то вопросы или трудности с этой темой - помогу чем смогу
.