[nataLIE]

При учете предоплаты выданной вовсе не обязательно принимать НДС к вычету. Это право, а не обязанность (п. 1 ст. 171 НК РФ , Письма Минфина России от 01.09.2009 N 03-07-14/92, от 09.04.2009 N 03-07-11/103, от 06.03.2009 N 03-07-15/39).

А вот исключить нереализованную (равно как и реализованную) разницу надо обязательно.
Проверьте еще функционал "Отмена переоценки авансов". Он должен у вас быть для корректного сопоставления валютных авансов и накладных. На форме параметров ГК на закладке Главная книга должен быть активирован одноименный флаг. Только учтите, что он будет виден только если метод расчета курсовой "Итого за период" и "Инкрементный". Для Стандарта такого функционала нет.