[komar]

Про лирику - так действительно мало внедренцев. Т.н. "Архитекторов" системы - мало!

Про задачу - принципиально возможные подходы:

1. Одна компания, разделение юр.лиц по аналитикам. Недостаток - игры с разделением доступа.
2. Много компаний, консолидация. Консолидацию по товарным остаткам придется писать - либо на уровне отчетов или в отдельную базу по проводкам.
3. Разделение таблиц на уровне виртуальных компаний. Достаточно тонкий механизм, многие его боятся. Однако на практике такое работает - например, общий склад при разном бухучете можно сделать, может, подойдет оно вам?
4. "Деконсолидация". Разновидность первого варианта, компании действуют как одно целое, для отчетности делается "выброс" проводок в отдельные компании (базы, системы, нужное подчеркнуть). Разделение на уровне аналитики. Удобно, когда компания на самом деле одна, а юр. лиц много.
5. Поменяйте, наконец, бизнес-процесс!