Эх, ну специалистом в этом вопросе не являюсь, но кое на что могу ответить
какую указать продолжительность рабочей недели?
больничный в календарных днях. так что 7 дней
что такое способ расчета неполного месяца, полного месяца?
При календарном способе расчета месяца количество дней в предыдущих периодах будет определяться по календарю, при расчете по среднему - как 29.6 за полный месяц.
Способ расчета неполного месяца - сходу не скажу, по-моему оба работают неправильно
что такое база по среднему?
Если нет начислений за предыдущие месяца, ведь больничный все равно должен быть посчитан? вот из этой базы и берется сумма для расчета
Да, правда, не уточнил с чем быть.
как быть с той же штатной расстановкой?
Ну нету в Аксапте штатной расстановки. А как известно, нет расстановки - нет проблемы

В общем, это уже ваши пользователи должны сказать вам как это учитывается а вы должны им соответсвенно сделать отчет.