Повторить Вашу ситуацию мне не удалось.

У меня получилось все нормально.

Мои настройки.
Складская модель: Складская модель - ФИФО, Включать физическую себестоимость (кстати зачем она Вам?

), Контроль по дате.
Группа складской аналитики: Склад+ Партия, физическое наличие и финансовый склад, для партии - пропуск расходов.
Закупка такая же
Продажа такая же
Чтобы не мучатся с резервированием для Заказа включил Автоматическое резервирование.
В проводках Партия 1 - 10 шт на 700, Партия 2 - 5 шт. на 1050 (по 210 т.к. мгновенная)
Далее Закрытие склада - Коррекция для Партии 2 на 350
В Результате полуем партионный учет по ФИФО
Включение/Отключение "Включать физическую себестоимость" ни какого результата не дала