Зачитывать счет-фактуру на предоплату и выставлять вторую фактуру на остаток суммы думаю не стоит, так как в фактуре на предоплату вместо строк с указанием товаров стоит единственная строка - аванс (предоплата). Обычная счет-фактура делается на всю сумму отгрузки. Счет-фактура на аванс сторнируется (точнее реверсируется) после отгрузки и выставления нормальной счет-фактуры в росс. законодательстве. В Аксапте делается это в момент сопоставления. А аванс "зачитывается" так - если делать фактуру после сопосталения, то поле "К платежно-расчетному документу" заполняется номером платежки.
Правда, не знаю, как дело обстоит в функциональности для Болгарии
