Ответ длинный.
Несколько вех:
1.
права прописываются в таблице AccessRightsList.
2.
Для Админа система сама прописывает права как только функциональный ключ появляется в системе. Но иногда ошибается (когда и почему - очень длинная тема

)
3.
Чтобы поправить пропавшее право админа достаточно вручную добавить соответствующую строку в таблице. (как сделать не вручную и как оптимизировать этот процесс тоже очень длинная тема)