Цитата:
Я так предпологаю именно из-за того что склады разные.
Правильно предпологаешь.
Маркировка будет игнорироваться, если сопоставленные таким образом приход и расход будут выполнены в рамках разного финансового склада.
Так что простой маркировкой поставленную задачу не решить.