ну если очень хочется - можно и справочники реплицировать.
Завести и туда галки "выгружено во вторую базу", "изменено во второй базе" и вперед.
С другой стороны, можно и "административно" это решать. Т.е., например, завелся новый клиент - завели его в первой базе, товарищам, работающим со второй базой манагер, отвечающий за нового клиента, послал письмо, мол, завелся такой-то клиент.
З.Ы. Просьба больно не пинать, я ничего не продаю, я просто пытаюсь помочь, в связи с чем пытаюсь двинуть возникшую мысль