Вообще не очень понятно следующее: у вас зарплата считается сразу и вся? Тогда в чем проблема? Поставил на ночь, скажем, со 2го по 3е и готово

Я так подозреваю, что проблема в том, что вы, точнее ваши бухгатера, после каждого изменения запускаете расчет всех процедур заново.
Предложения у меня чисто организационного характера:
1. Рассчитывать одну процедуру только 1 раз в течение расчетного периода. Больше просто не надо. В случае отдельных корректировок перерасчитывайте зарплату индивидуально.
2. Если надо просто изменить статус процедуры с "не рассчитано" на "рассчитано" запустите ее расчет для одного сотрудника (по запросу). Статус все равно поменяется

3. ЕСН также пересчитывается индивидуально по кнопке "расчет" из карточки сотрудника. Пересчитывать ЕСН целиком надо только если у вас изменилась настройка фондов (ну или еще что-нить именно в настройке), но не если у одного сотрудника изменилась база.
Чисто по быстродействию, маленький тюнинг - уберите неиспользуемые вычеты, скидки и льготы для налога на доходы и ЕСН. Они замедляют расчет. Знаю, что часто их оставляют на всякий случай, т.к. они настоены в демо-данных. Так вот уберите.
В заключение могу сказать, что на одном из моих проектов, численность чуть выше чем 450 человек, однако _особых_ проблем в плане быстродействия нет. Да, когда 10 минут рассчитывается ЕСН или создается табель, это раздражает, но это в конце-концов не смертельно.