Да, мысль именно такая. Мы планируем партию при получении разбивать. Часть (правильную) приходовать на центральный склад, а излишки на резервный склад. При этом себестоимость снижается (корректно распределяется по общему количеству).
Проблема в том, что поставщик, если мы при каждой закупке будем требовать новые документы, может отучиться нам передавать излишки

А нам это не нужно. Нас такие излишки устраивают.
Здесь и возникает расхождение.