AX 2009 корректировочный счет-фактура

[Logger]

Сложно так заочно сказать.
Но попробую.
1. Убедитесь что у вас обновление накачено корректно, что искомая закладка вообще на фроме в дизайне есть и в данном случае просто не видна.
2. Вот в этом месте
"2. Создал строку кредит-ноты на 2 шт, разнес по ним накладную с признаком корректировки."
нужно обязательно не только признак корректировки ставить, но и ссылку на корректируемую накладную.Она заполняется в форме обработки накладной и обязательно должна быть заполнена.
3. Если не ошибаюсь то SalesParmTable/SalesParmLine к моменту обработки фактуры не должны быть удалены, так как стандартный код может из них инфу по ссылкам тягать в лукапы и.т.п.

Судя по тому что у вас невидна группа исходная строка - скорее всего не все ссылки корректно заполнены. проверьте это.