Сторно накладных? Счет-фактура с минусом? Проводки по отборочной накладной?

[Geo]

Есть у нас бизнес-процесс, вызывающий проблемы. Прошу посоветовать, как их лучше решать.

Процесс таков:

1. Сырье поступает по ж/д с соответствующими сопроводительными документами (ж/д-накладная).
2. Бухгалтерия считает ж/д-накладную достаточным основанием для отражения полноценной покупки.
2.1. На разнесенную покупку массово вешаются накладные расходы.
3. Позже приходит счет-фактура. В нем часто себестоимость и/или НДС немного отличаются от ж/д-накладных, причем как в большую, так и в меньшую сторону. Это считается практически нормой, а не разовыми форс-мажорами.
4. Бухгалтерия считает должным исправить покупку так, чтобы она соответствовала счету-фактуре. Переубедить ее не удается, да и бессмысленно, поскольку ТОРГ-12, в общем-то, тоже может отличаться от ж/д-накладной, а принятие к учету по ж/д-накладной - нормальное, легальное решение.

Сейчас реализация п.4 осуществляется через сторнирование покупки и разнесении заново, в соответствии со счетом-фактурой. Ввиду наличия накладных расходов, дело это медленное, тяжелое и ошибкоемкое.

Делать проводки по отборочной накладной - вроде как должно бы устраивать... Но:
1) бухгалтерия (пока?) идет в отказ ("как, кладовщики будут 60-й разносить??");
2) разнести накладные расходы на физ. приход у меня что-то не получается;
3) слышал, что с физ. проводками есть подводные камни. Прошу подсказать про камни, кто знает...

Возникла мысль не сторнировать покупку, а докупать услугу на сумму разницы и вешать ее на ту же исходную покупку как еще один накладной расход. Но возникла нижеописанная проблема с отрицательной коррекцией.

Желаемое решение (доразноска услуги на разницу) предполагает формирования счета-фактуры совместно на исходную покупку и корректирующую. Но оказалось, что система не дает в один счет-фактуру включить строки накладных с разными знаками: либо помечаешь только положительные, либо только отрицательные. Получается, что себестоимость прихода и задолженность мы можем откорректировать без сторнирования, но счет-фактуру нормальную уже никак не сделать.

Прошу что-нибудь посоветовать по данной проблеме...