2 aos на одном сервере - лучше ли??

[AlGol]

По поводу настроек:
У вас наверное запускается Акса с активной конфигурацией в конфигурационной утилите.
проще сделать так:
1. Выгрузи настройки из конфигурационной утилиты в файл .axc и размести его в доступной для всех папке.
2.Для запуска сделай линк на ax32 (который тоже можно выложить на расшареном ресурсе) с ссылкой на полученный .axc как параметр командной строки.

при такой настройке меняешь файл axc и при следующем запуске они подхватяться у всех пользователей.
Для запуска аксы с помощью такого линка локальная установка системы на клиентком компе не требуется.