Общая схема порядка обновления с АХ 3.0 на АХ 4.0

[sukhanchik]

Совершенно логичное поведение.
Алгоритм действий:
1. запустите чистое приложение, натравленное на Вашу БД. НЕ ЗАПУСКАЙТЕ синхронизацию.
2. залейте 4-шные лицензии. НЕ ЗАПУСКАЙТЕ синхронизацию.
3. запустите Ваше приложение, натравленное на Вашу БД и отсинхронизируйте.

Фишка в том, что после апгрейда БД - лицензии у вас остаются старыми (см табл. SysConfig), т.е. недействующими. А т.к. код находится на VAR-слое и нет (вы еще не успели закачать) лицензий на VAR Layer Runtime - то логично, что Ваш код не работает. А Ваш код скорее всего присутствует на объектах - которые вызываются при старте Аксапты. Например класс - WinAPI.
Вывод: запустить Аксапту без VAR-слоя, залить лицензии, а потом снова подложить VAR-слой.