Вопрос по ссылочной целостности

[Logger]

Да не сильно она вам поможет. Ну разве что тем что раньше в аксапте коды были говрящие и даже при битой ссылке можно было по коду определить что за запись по смыслу была в справочнике удалена, то теперь с recId-ми это невозможно.

В общем, я бы не стал перекладывать на ядро баги X++ программистов.
Лучше уж тогда настроить логирование на удаление по всем справочникам в системе, можно будет легко восстанавливать записи при возникновении подобных проблем, а также находить по битой ссылке что за запись была.