CurrencyCode в InventTrans

[fed]

Склад будет закрываться нормально. Все суммы в InventTrans хнаяться в первичной и, если включен двухвалютный склад, вторичной валюте учета. Закрытие склада вообще не использует значения из inventTrans.currencyCode, поскольку рассчет всегда идеи в одной из двух валют учета. По большому счету, это - поле типа FYI, в которое дублируется код валюты из исходного документа.
При разноске складских журналов туда, судя по коду метода InventUpd_Financials::newCheckPostInventJournalTrans, всегда заносится код первичной валюты компании.
Можно, конечно, предположить что в момент разноски у вас не было заполнен код первичной валюты, но как-то мне кажется что в такой ситуации разноска не прошла бы вообще, поскольку при разноске в ГК все развалилось бы...

Так что правильнее всего будет считать причиной этой ситуации какой-то одноразовый глюк.
Склад можно будет закрывать безбоязненно.
Если пустой код валюты по складским журналам очень уж мозолит глаза или мешает каким-то отчетам - можно просто написать какой-нибудь джобик, который запишет туда код первичной валюты компании.